I principali rifiuti prodotti nel laboratorio di analisi delle farine e dei cereali sono:

- farine non conformi agli standard pertinenti, compresi i campioni di cereali, legumi e semi che non possono essere riutilizzati
- carta utilizzata per registrare e documentare i test
- solventi e reagenti utilizzati per le analisi di laboratorio
Le farine e i campioni non conformi agli standard pertinenti o inutilizzabili non presentano un rischio ambientale significativo. Tuttavia, devono essere smaltiti come rifiuti alimentari in conformità alle normative vigenti, perché, se non vengono trattati correttamente, possono attirare i parassiti o causare problemi igienici.
La carta utilizzata in laboratorio deve essere raccolta separatamente e avviata al riciclaggio per ridurre l'impatto ambientale.
Le sostanze chimiche utilizzate per le analisi di laboratorio presentano un rischio maggiore e devono essere classificate come rifiuti pericolosi. La manipolazione impropria di solventi, reagenti e altri materiali chimici può causare l'inquinamento del suolo o delle acque se smaltiti in modo non corretto. È indispensabile che le norme sui rifiuti speciali siano rispettate rigorosamente e che lo smaltimento sia affidato a società specializzate.
Le sostanze chimiche presenti in laboratorio possono rappresentare un rischio per la salute degli operatori. Per ridurre questo rischio, è necessario adottare misure di sicurezza adeguate, come l'uso di dispositivi di protezione individuale (DPI), e seguire le linee guida per la corretta manipolazione e conservazione delle sostanze chimiche.
Qualsiasi spreco di materiali di laboratorio o smaltimento improprio di rifiuti chimici comporterà costi aggiuntivi, tra cui multe e necessità di bonifica ambientale.